Respecto a su origen o nacimiento ha habido y aún hay dudas, como sucede con todos los grandes ríos formados por la unión o confluencia de dos o más, puesto que suele elegirse uno u otros de los ríos primitivos que les constituyen y que nacen en puntos distintos.
Uno de los dos principales ríos que forman el Amazonas es el Tunguragua o Marañón, que sale hacia los 10° 30′ de latitud S. de un lago del cerro del Pesco, nudo en que los Andes peruanos se ramifican en tres cordilleras. Otro es el Ucayali, cuyo afluente superior, el Apurimac, nace cerca del pico volcánico de Arequipa, entre los 15° 30′ y los 16° de latitud S.
Hoy inclínense los geógrafos a reconocer como origen del Amazonas el Tunguragua, y así todo el río tiene un curso de 7.500 kilómetros.
Desde la unión del Tunguragua y el Ucayali, O un poco más al N. desde la confluencia del Nepe, en la zona N. E. del Perú, empieza el Marañón propiamente dicho y el río cambia su dirección N. O. y N. E. primitiva, por la del E., con inflexiones al N. y S., que conserva hasta su desembocadura, atravesando la parte septentrional del Brasil, cerca y al S. del Ecuador.
Sus principales afluentes, todos ríos considerables, en la parte llamada Marañón y Amazonas, son: por la orilla izquierda, el Nano, el Iza o Putamayo, el Cequeta o Yapura, el Negro, el Jamunda, el Oriximina, el Peru, el Jari y el Iratapuru; por la derecha el Yavari, Jutay,, Jurúa, Tefe, Purus, Madeira, Tapajos, Xingu, y el Tocantin en la de sembocadura. El mayor de ellos es el Madeira.
Aunque no es fácil precisar los limites de su cuenca, sobre todo en la parte S., puede indicarse aproximadamente y en términos generales, que lo determinan al N. O. las sierran de Pacaraimbo y Yuraquacu, los Andes al O., los Andes de Bolivia al S. O., la serie de colinas que se alzan en la provincia brasileña de Matto Grosso al S., y las del país de los Carayos y Tupis en la misma provincia y en la del Paré, al E.; es decir, que al E. y O. queda limitada por los meridianos de 47° y 72° O., al N. y S. por los paralelos de 4° N. y 19° S., esto es, 25 grados de E. a O. y 23 grados de N. a S.
Dentro de esta inmensa cuenca que ocupa más de los dos tercios de la América meridional y corresponde a territorios de Venezuela, Colombia, Ecuador, Perú, Bolivia, Brasil y Guayana, hay más de 1.100 ríos y millares de lagos, canales naturales y estanques que llevan sus aguas al Amazonas. Todos los años durante cuatro meses elévese el nivel del río unos 12 metros, ocasionando así un desbordamiento general, que convierte aquel país en un archipiélago casi tan grande como Europa.
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