Entre los emperadores romanos encontró la alquimia bastante oposición. Alquimistas, astrólogos, mágicos y matemáticos eran considerados todos como embaucadores perjudiciales y fueron perseguidos. Se publicaron edictos de expulsión y algunos fueron muertos como grandes criminales.
Diocleciano mandó destruir todas las obras y trabajos de los alquimistas en Oriente, especialmente en Egipto, con objeto, decía, de privar a estos países de los grandes elementos de riqueza que la alquimia les proporcionaba con el establecimiento de importantes industrias; de este modo suponía el emperador que imposibilitaba a dichos países de ser fuertes, rebelarse y hacer la guerra al imperio.
Llegó poco después la época de la destrucción de todos los centros de la civilización pagana por los cristianos triunfantes, y con ella el fin de la cultura helénica en Egipto y la destrucción de los laboratorios. Esta catástrofe se verificó después de violentas luchas entre los defensores del helenismo y los monjes sublevados por el arzobispo Teófilo; los primeros no cedieron más que a una orden expresa del emperador Teodosio, orden que dio al mismo tiempo que el famoso edicto que ordenó la destrucción general de los templos paganos en todo el imperio romano.
Ningún acto más funesto para las artes y para las ciencias puede citarse en el curso de la historia, y él solo basta para echar el más negro borrón en la memoria de su autor. El Serapeum de Menfis, y el templo de Ptah, donde se encontraban los laboratorios médicos y técnicos de los alquimistas, fueron destruidos al mismo tiempo que los santuarios de Alejandría.
La Biblioteca, o más bien sus restos, subsistieron algún tiempo aún, y las cátedras del Museo de Alejandría continuaron abiertas hasta la matanza de la sabia Hipatia, crimen infame ejecutado con particularidades atroces por los monjes amotinados a la voz del patriarca San Cirilo, yerno y heredero de Teófilo.
Así desaparecieron las escuelas de Alejandría y su biblioteca, lo cual prueba que los fanatismos de todos los tiempos han sido igualmente ciegos y criminales. Los filósofos perseguidos huyeron a Atenas, donde se constituyó un centro de estudio y enseñanza que subsistid cerca de un siglo, hasta que un nuevo edicto de Justiniano, en 529, decretó la supresión de la ciencia y de la filosofía antiguas.
El arte sagrado, a pesar de estas terribles vicisitudes, no quedó enteramente aniquilado entre las ruinas de la civilización pagana. Dos causas lo sostuvieron: la utilidad de sus consecuencias prácticas, para las industrias de los metales, del vidrio, de la cerámica, de la tintorería, etc., trabajo muy desarrollado y apreciado en Constantinopla; y además las esperanzas ilimitadas que las teorías alquimistas despertaban y mantenían entre los iniciados.
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