Los orígenes de los autos de fe son los mismos que los de la Inquisición, de la que fueron una consecuencia; y como todas las naciones católicas conocieron por más o menos tiempo la Inquisición, los autos de fe se practicaron también en todas ellas.
Por lo que a España se refiere, conviene distinguir dos épocas en la historia de los autos de fe, épocas que corresponden a una división análoga de la historia de la Inquisición. Comprende la primera desde los orígenes de la famosa institución hasta los Reyes Católicos; y la segunda llega hasta la desaparición del terrible tribunal.
Ya en 11 de enero de 1257, fray Pedro de Tonenes y fray Pedro de Cadireta, juntos con Arnaldo, obispo de Barcelona, pronunciaron sentencia definitiva contra la memoria de Raimundo, conde de Forcalquier y de Urgel, declarándole hereje relapso, puesto que había fallecido en la herejía después que la había abjurado en los días del cardenal Pedro de Benevento, ante don Poncio, obispo de Urgel, y mandando que los huesos de Raimundo fuesen desenterrados para que no tuvieran sepultura eclesiástica, y que doña Timborosa, viuda del condenado, y Guillermo, hijo primogénito del mismo, fuesen reconciliados. Los dichos inquisidores de Barcelona, Tonenes y Cadireta, dictaron sentencia en aquella ciudad, a 2 de noviembre de 1269, contra Arnaldo, vizconde de Castellbó y Cerdaña, y Ermesinda, condesa de Fox, su hija, mujer del conde Rogerio Bernardo II, condenando la memoria de ambos como muertos en la herejía.
Los reyes protegieron el establecimiento de la Inquisición, y así sabemos por Lucas de Túy que San Fernando llevaba en sus propios hombros la leña para quemar a los herejes.
Fray Bernardo, inquisidor de Aragón, celebró auto de fe el 1301 reconciliando a varios herejes y entregando otros a la justicia secular. Fray Domingo Peregrino, inquisidor de Aragón y Valencia, promovió otro auto de fe el 1304, y desterró, con autoridad del rey Jaime II, de sus dominios a los que no puso en manos de la justicia ordinaria.
Descubierta en 1814 una nueva herejía en Aragón, Fray Bernardo Puigcercós, inquisidor general de aquella corona, en distintos autos de fe, desterró algunos, entregó a otros muchos para ser quemados y reconcilio al heresiarca Fray Bonato, a otro dogmatizante llamado Pedro de Olerio y los numerosos sectarios de éstos, todos los cuales abjuraron sus errores.
El rey D. Jaime, sus hijos y dos obispos presenciaron el suplicio de Pedro Durando de Baldach, a quien fray Arnaldo Burguete, inquisidor general de la corona aragonesa, mandó prender y entregar a la justicia real para ser quemado como hereje relapso (12 de julio de 1325).
Fray Guillermo de Costa, inquisidor general, mandó lo mismo para Fray Bonato (qua reincidió en la herejía) y reconcilió a no pocos que éste tenía convencidos. Fray Nicolas Roselli, que en 1350 era inquisidor general de Aragón, habiendo descubierto en Valencia herejes beguardos, a los que dogmatizaba Jacobo Justis, formó proceso y celebró auto de fe, reconciliando a Jacobo, a quien se condenó a cárcel perpetua, y mandando desenterrar y quemar los huesos de tres que murieron en la herejía.
Fray Bernardo Armengol, inquisidor de Valencia, hizo en esta ciudad auto de fe, con muchísimas sentencias. De loa reos, unos fueron reconciliados con penitencia a cumplir en el mismo pueblo, a muchos se les desterró del reino, y no pocos, entregados a la justicia real, perecieron en la hoguera.
El obispo de Barcelona y el inquisidor Eimeric admitieron en la catedral de aquella ciudad la abjuración del judío Astrucho de Piera, puesto en las cárceles de la Inquisición porque invocaba y daba culto a los demonios, y condenado por esta causa a prisión perpetua.
Fray Guillermo Segarra, inquisidor de Mallorca desde 1413, y Bernardo Pagés, que por el mismo tiempo lo era en el Rosellón, reconciliaron a muchos en varios autos de fe, y entregaron bastantes a la justicia secular para que los condenase a morir en las llamas.
En 1441 Fray Miguel Ferriz era inquisidor de Aragón, cargo que Martín Trilles ejerció en Valencia. Ambos reconciliaron algunos sectarios de Wiclef y relajaron muchos a la justicia secular para que muriesen en la hoguera.
Aunque la historia de esta primera inquisición aparece oscura en Castilla, constan los procesos contra los templarios (1308) y contra los beguardos, secta esta ultima defendida (1442) por Alonso Mella, que luego huyó con algunas mujeres a Granada, en tanto que sus partidarios eran presos, pereciendo muchos, quemados unos en Valladolid y otros en Santo Domingo de la Calzada.
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