Descubrió el Amazonas, en 1500, Vicente Yáñez Pinzón, y lo exploró, en 1540, Francisco de Orellana, enviado por Gonzalo Pizarra, cuyo atrevido viaje por todo el río ha sido relatado por fray Gaspar de Carvajal (Diario del viaje de Orellana). El fue quien le dio el nombre de Río de las Amazonas, por la razón antes dicha, y aunque por lo general se pone en duda la existencia de aquellas mujeres guerreras, conviene advertir que aun existe entre las tribus salvajes la tradición de las Amazonas.

En 1568 Pedro de Ursúa, por orden del virrey de Lima, fue en busca de las minas del Dorado, y con este motivo recorrió también gran parte del río. (Jornada de Pedro de Ursúa, compuesta por Diego de Aguilar, e inserta en las Noticias de Tierra Firme de Fr. Pedro Simón). Desde el año 1626, por lo menos, empezó el gobierno de España a consentir las exploraciones aguas arriba del Amazonas, concediendo al capitán mayor del Para, Benito Maciel Parente, licencia para llevar a efecto una, que no se logró, por haberle mandado servir el rey en la guerra de Pernambuco.

En 1888 o 84 no solamente permitía que dichos viajes se hiciesen, sino que los mandaba hacer, encargando su dirección o ejecución a Francisco Coello de Caravallo, gobernador del Marañón y Paré. Coello no pudo cumplir el mandato por tener que hacer frente a las invasiones de los holandeses en les riberas del gran río. Poco después aparecieron por el fuerte avanzado de Curupá, en una canoa, seis soldados y dos legos franciscos que decían y probaron haber venido navegando hasta aquel punto desde los confines orientales de la provincia de Quito. Este atrevido viaje, que empezó el 17 de octubre de 1636 y terminó el 5 de febrero del siguiente año, fue idea de un marinero portugués llamado Francisco Hernández, realizada por él y otros cinco 6 seis de sus compañeros, soldados del capitán Juan de Palacios, y dos indios, a los cuales se unieron dos legos franciscos, fray Andrés de Toledo y fray Domingo de Brieva, sin permiso y contra la voluntad de su superior.

En octubre del mismo año 1637 el gobernador del Marañon equipó una escuadrilla de 40 canoas con 1.200 indios remeros y de pelea, 70 portugueses y cuatro castellanos de los seis que habían bajado el río. La mandaba Pedro Texeira, con órdenes de subir el río hasta la ciudad de Quito. Caminaron a vela algunas leguas, hasta que faltándoles los vientos hicieron el viaje a fuerza de remos. Fueron reconociendo todos los ríos que por ambas orillas desaguaban en el Amazonas, al que por entonces llamaban río de San Francisco del Quito, por haber navegado en él los citados legos franciscos; numeraron las leguas que habla de unos a otros, apuntaron sus nombres, tomaron alturas, hicieron sondeos, recogieron noticias de todas las tribus indígenas que encontraban; en suma, practicaron todo lo que en aquellos tiempos podía hacerse para el estudio y conocimiento del río y comarcas adyacentes. En el mes de junio de 1638 llegaron al río Napo, cerca de la ciudad de Avila de los Quijos; dejaron las canoas, y el hermano fray Domingo marchó a Quito a dar cuenta del viaje y a preparar recursos para los expedicionarios, quienes llegaron también a la ciudad de Quito. De tan famoso viaje resultó otro de vuelta por la misma vía, conducido también por Texeira, acompañado de los P.P. jesuitas Cristóbal de Acuña y Andrés de Artieda; de él principalmente derivaron la preponderancia de la compañía de Jesús y el auge de sus misiones en las comarcas amazónicas.

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