Los enemigos con que ha de luchar la anguila y las enfermedades que padece son numerosas. Como habita en aguas poco profundas, cuenta con menos medios que cualquier animal acuático para sustraerse a las persecuciones. De ahí que no obstante la agilidad con que se oculta entre las piedras y hendiduras y bajo la hierba, es devorada por las nutrias, por las aves acuáticas y por los peces voraces.

Las anguilas tienen por enemigos a todos los animales ictióvoros de mayor tamaño que ellas; la nutria, sin embargo, es su peor enemigo. Cuando este mustélido se encuentra en un lugar donde haya anguilas, se precipita inmediatamente al agua, coge la primera que encuentra, la tritura la cabeza con los dientes y la coloca en la orilla para lanzarse a por otra; mientras persigue a la segunda, la primera se desliza hasta llegar al agua y una vez allí vuelve a nadar con la ligereza y seguridad que lo haría si nada la hubiese ocurrido. Furiosa la nutria cuando llega con su nueva presa, al ver que se ha escapado la que ella creta muerta, se ensaña a mordiscos en la cabeza de la segunda y dejándola como a la anterior, se precipita de nuevo al agua para correr en busca de la primera, con lo cual da tiempo para escaparas a la segunda que una vez en su elemento, nada y corre con la misma tranquilidad que antes de haber sido cogida. Esta operación se repite hasta que la nutria desesperada toma el buen acuerdo de irlas comiendo según las coge. Para las aves de rapiña es muy difícil comerlas, pues se les escurren de entre las garras, lo cual hace que aunque las persigan con gran encono, pueden causarles muy poco daño.

La alteración de las aguas en los países salidos es causa de que mueran muchas anguilas; en sus emigraciones por tierra contraen un padecimiento caracterizado por la aparición de manchas blancas en el cuerpo cuyos efectos a veces son mortales.

El exceso de calor y frío acaba también con su existencia. En el siglo pasado perecieron de frío en las lagunas de Comachio tantas anguilas que su peso se calculó en 1.600.000 kilogramos. En 1850 murieron otras tantas. La elevación de temperatura y la sequía causó la muerte en 1879 a una masa de 296.000 kilogramos y en 1825 a más de 2.400.000 kilogramos.

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