Los algodoneros están expuestos a alteraciones y enfermedades muy perjudiciales.

La más temible es la que los americanos denominan sore-shine (úlcera patente) y parece ocasionada por los bruscos descensos de temperatura. La planta enferma se detiene en su desarrollo y se ve en seguida invadida por pulgones.

Otra enfermedad se presenta en las cápsulas antes de madurar; éstas adquieren en tal enfermedad un color pardo que se propaga al interior, pudriéndose los filamentos.

Hay otra alteración en la cual la base de los tallos se desorganiza y pardea, las hojas se desecan y las plantas perecen; esta enfermedad se propaga en los algodonales con extraordinaria rapidez, produciendo grandes perjuicios. Los americanos la denominan blight (tizón) y es la que ha ocasionado los grandes desastres de 1853 y 1854 en América y de 1885 en Turquia.

La roya (rust de los americanos) es producida por una criptógama y causa también muchos daños; aparece en las hojas y cápsulas en forma de manchas rojas o negras; no se conoce ningún medio de prevenir esta enfermedad ni de contener su desarrollo.

Los algodoneros sufren también los ataques de muchos insectos que ocasionan en ellos grandes daños. Los más nocivos son la pulga negra (Cymex naturalis), que se presenta en la época de las madurez; la oruga del algodón (Noctua Gossypii), común de agosto a octubre, que produjo los grandes estragos de 1788 en las Guayanas; la pulga roja, que se presenta en octubre; la oruga subterránea (Noctua subterranea); el grillo real (Grillustalpa vulgaris), etc.

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